九价HPV疫苗第三针通常没有后遗症，可能会有注射部位疼痛、呕吐恶心、过敏等不良反应。具体分析如下：
1、注射部位疼痛
九价HPV疫苗在注射时如果速度过快，药物无法快速吸收，可能会在肌肉内滞留引起疼痛。如果注射时情绪过度紧张也会引起疼痛。
2、呕吐恶心
九价HPV疫苗中的成分可能会对自身组织器官造成轻微刺激，比如胃肠道，患者可能会表现出呕吐恶心的症状。
3、过敏
如果对疫苗中的成分过敏，可能会导致患者出现过敏反应，比如喉咙痒、咳嗽、皮疹等。
除此以外，还可能会有头痛、头晕、四肢酸痛等不良反应，但是能够随着时间逐渐缓解。