一般来说，手足口病的病原体对理化因素的抵抗力较强，包括室温下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活数日。
引起手足口病的病原体属于小RNA病毒科、肠道病毒属，具体包括柯萨奇病毒、埃可病毒以及肠道病毒。
肠道病毒对理化因素的抵抗力较强，室温下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活数日，在污水和粪便中可存活数月，在pH值3到9的环境中稳定，在胃肠道能耐受胃酸、蛋白酶和胆汁的作用，对热、去污剂均有一定抗性，但加热50℃可迅速破坏病毒，各种氧化剂，如高锰酸钾、双氧水、漂白粉等可用于消毒。
手足口病的传染源包括患者和隐性感染者，病毒主要存在于血液、鼻咽分泌物及粪便中，其中粪便中病毒排毒时间为4到8周，以发病后1周内传染性最强。
手足口病主要经粪-口途径传播，其次经呼吸道飞沫传播和密切接触传播。手足口病本身属于丙类传染病，易感人群应有良好的个人卫生习惯，勤洗手。如果患上手足口病，应注意监测患儿体温，预防高热，保持口腔清洁。