一般情况下，做完肠镜有点痛可能是非病理性因素引起的，也可能是肠损伤、急性肠炎等病理性因素导致的。具体分析如下：
一、非病理性因素
做肠镜的过程中，可能会对胃肠道粘膜造成刺激，当时由于使用了麻醉药，没有痛疼，但麻药消失后，就可以出现痛疼，这是正常的反应。建议患者清淡饮食、不吃辛辣生冷食物、不喝酒、避免久坐。
二、病理性因素
1、肠损伤
在肠道检查中，导致患者肠壁损伤则可能是因为患者肠壁较薄，严重者可能会发生肠穿孔，建议完善腹部的立位腹平片，来排除是否有肠穿孔。一旦确诊，就要在医嘱下尽快做手术治疗。
2、急性肠炎
对于细菌感染引起的急性肠炎，可根据病原体在医生的指导下应用阿莫西林、甲硝唑等药物进行治疗。同时也可配合颠茄片、曲美布汀等药物解痉，缓解疼痛。
除以上三种原因外，还可能是慢性结肠炎、结肠肿瘤等原因导致的。建议患者在做肠镜检查后，一定要做好护理工作，避免过度劳累影响到身体的恢复，饮食上可以多增加一些营养。若有不适，建议立即就医。