跑步后手臂起小水泡可能是汗疱疹、湿疹、接触性皮炎等原因引起，需根据不同病因针对性治疗。具体分析如下：
1、汗疱疹
跑步时大量出汗会导致皮肤新陈代谢增加，使汗管容易发生堵塞，可表现为手臂上出现许多小水泡，同时可伴有瘙痒的症状。可以在医生的指导下外用糠酸莫米松乳膏、炉甘石洗剂等药物进行缓解。
2、湿疹
跑步后，由于汗液对皮肤的刺激，湿疹症状可能会更加明显，此时可出现上述现象，并伴有严重的瘙痒的症状。可以遵医嘱外用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等药物进行缓解。
3、接触性皮炎
当患者的手臂在跑步的过程中接触到外部过敏原可引起过敏反应，其特征是接触部位有红斑、丘疹、水泡和瘙痒的症状。可以在医生的指导下服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物进行缓解。
除以上相对常见原因外，还可能是其他原因导致的，如荨麻疹、过敏性皮炎、痱子等。如有不适症状，应该及时就医进行检查，及时进行治疗，以免耽误病情。