三个月宝宝一直摇头可能是生理因素，也可能是过敏、缺钙等病理因素导致，具体内容如下：
一、生理因素
由于三个月宝宝的神经系统正处于发育阶段，神经行为会在传递信息的过程中出现障碍，使神经兴奋性升高，出现摇头的现象。一般随着年龄的逐渐增长会慢慢消失。
二、病理因素
1、过敏
如果对所穿的衣物、被褥材质过敏或者是进食不当等原因发生过敏反应时，会导致局部出现红疹子，并伴随瘙痒，所以会通过摇头缓解不适。建议在医生指导下服用盐酸西替利嗪颗粒、氯雷他定颗粒、孟鲁司特钠咀嚼片等药物控制过敏，改善症状。
2、缺钙
如果营养不均衡，体内缺乏钙元素时，会导致神经兴奋性升高，出现一直摇头的现象。建议在医生指导下服用醋酸钙颗粒、碳酸钙D3颗粒、维生素D2软胶囊等药物补充钙元素，促进钙吸收，改善症状。
此外，还可能是自闭症谱系障碍、癫痫造成的，如果症状长时间不能缓解时，需及时就医诊治，以免延误病情。